Thời kì đầu

Ngày 27 tháng 11 năm 1903 Wilhelm Hauschild viết một lá thư - ký bởi 170 công nhân của mình - cho nhà máy của mình, nhà máy dược phẩm Bayer, để tìm kiếm hỗ trợ của công ty trong việc bắt đầu cho một câu lạc bộ thể dục thể thao. Công ty đã đồng ý hỗ trợ các sáng kiến, và vào ngày 1 tháng 7 năm 1904 đội thể thao Rẽ-und Spielverein Bayer Leverkusen được thành lập.

Ngày 31 tháng năm 1907 một bộ phận bóng đá riêng biệt được hình thành trong câu lạc bộ. Cuối cùng điều này đóng góp vào một phân chia trong câu lạc bộ: vào ngày 8 tháng sáu 1928 các cầu thủ thành lập một hiệp hội riêng - Sportvereinigung Bayer 04 Leverkusen - đó cũng bao gồm cả bóng ném, điền kinh, và đấm bốc.Bayer Leverkusen có màu áo truyền thống là sọc đen và đỏ còn thể dục dụng cụ là vàng và xanh.

Qua thời điểm này, và đến những năm 1930, Bayer Leverkusen chơi ở giải hạnh ba và tư.Vào năm 1936, họ lên chơi ở giải hạng hai.Đó cũng là năm đầu tiên họ mặc áo có dòng chữ Bayer ở trên áo.Họ có lần đầu tiên xuất hiện ở giải hạng hai là vào năm 1951, ở giải Oberliga phía Tây và chơi ở đó cho tới năm 1956 thì họ bị xuống hạng.Bayer Leverkusen không quay trở lại giải hạng hai cho tới năm 1962, trước khi hình thành ra giải chuyên nghiệp mới của Đức, giải Bundesliga. Mùa giải tiếp theo đó chứng kiến đội bóng thi đấu ở giải Regionalliga phía tây, giải hạng hai.

Giải hạng hai Bundesliga và giải hạng nhất Bundesliga

Bayer Leverkusen đã có bước đột phá vào năm 1968 khi họ vô địch giải hạng hai, không không thể vượt qua trận playoff để giành vé lên hạnh nhất.Họ lại bị xuống hạng vào năm 1973, nhưng nhanh chóng trở lại giải hạng hai chỉ sau một mùa giải ở giải hạng ba.Bốn năm sau, đội bóng đã có được một vị trí để bắt đầu chơi ở Bundesliga từ mùa giải 1979-80.

Vào khoảng giữa những năm 1980, Bayer Leverkusem đã leo lên nửa trên của bảng xếp hạng và đã gây ấn tượng tốt bằng việc về đích trong top 10.Trong thời gian đó, vào năm 1984, hai nửa của đội bóng đã kết hợp lại sau nửa thế kỉ bị chia rẽ và trở thành TSV Bayer Leverkusen e.V. Đội bóng mới có màu áo trắng và đỏ.

Đội bóng có được danh hiệu đầu tiên vào năm 1988 ở UEFA Cup với chiến thắng 3-0 trước Espanyol ở trận chung kết lượt về, sau khi đã bị đối phương dẫn trước bằng chính tỉ số đó ở trận lượt đi và giành chiến thắng 3-2 trên chấm penalty.

Cũng trong năm đó, người đã là chủ tịch của Bayer Leverkusen một thời gian dài Reiner Calmund trở thành huấn luyện viên của đội bóng.Điều này là một trong những sự thay đổi lớn nhất trong lịch sử đội bóng, khi Calmund đã dẫn dắt đội bóng trong mười năm và là một nửa của những thành công của đội bóng.

Sau khi nước Đức thống nhất lại vào năm 1989, Reiner Calmund đã nhanh chóng ký hợp đồng với những ngôi sao của đông Đức như Ulf Kirsten, Andreas Thom và Jens Melzig.Ba cầu thủ này nhanh chóng được ưa thích, và đã có những đóng góp lớn cho đội bóng.Calmund cũng liên hệ với những cầu thủ người Brasil, kết bạn với Juan Figer, một trong số những tay cò tiếng tăm nhất Brazil.Trong những năm sau đó, đã có những ngôi sao, như Jorginho và Paulo Sérgio gia nhập đội bóng, cũng như ngôi sao người Séc Pavel Hapal.Họ cũng ký hợp đồng với những cầu thủ giỏi, chẳng hạn như Bernd Schuster và Rudi Völler, đảm bảo cho sự nổi tiếng của đội bóng và cho những thành công.

Đội bóng giành được danh hiệu tiếp theo vào năm 1993, với chiến thắng 1-0 trước hiện tượng là đội nghiệp dư của Hertha Berlin với.Ở mùa giải tiếp đó, trong một trận đấu có bàn thắng đẹp nhất mùa giải của Bernd Schuster (một bàn thắng sau đó cũng được gọi là "Bàn thắng của thập kỉ"), Bayer Leverkusen tiếp Eintracht Frankfurt ở đầu mùa giải, và ở trận đó Bayer đã mặc màu áo thứ 3, đó là bộ áo cũ với sọc đỏ và đen. (Bộ quần áo cũng giống với bộ của Frankfurt vào thời điểm đó). Điều này đã rất nổi tiếng với các cổ động viên bởi về sau, đội bóng đã trở về mặc màu đỏ và đen, màu áo đã sử dụng cho tất cả các trận đấu sân nhà kể từ sau đó.

Sau khủng hoảng vào năm 1996 khi câu lạc bộ phải đối mặt với trận chiến chống xuống hạng, Bayer Leverkusen đã phải chứng tỏ bởi một phản ứng mạnh mẽ, khi đã gây khó chịu cho các đối thủ với phong cách huấn luyện mới của Christoph Daum, người cũng đã được trợ giúp của việc ký hợp đồng với những cầu thủ như Lúcio, Emerson, Ze Roberto, và Michael Ballack. Daum sau này nổi tiếng với một scandal về cocaine đã khiến ông phải trả giá bằng việc không được lên làm huấn luyện viên đội tuyển quốc gia.

Những thất bại đáng tiếc

Đội bóng đã lọt vào top 4 từ năm 1997 cho tới 2002 bao gồm bốn lần về đích ở vị trí thứ nhì.Thành tích của mùa giải 2002 và 2002 đã khiến người hâm mộ phải tiếc nuối khi suýt chút nữa đã giành được ngôi vô địch Bundesliga.Vào năm 2000, Bayer Leverkusen chỉ cần thêm một trận hoà trước Unterhaching để vô địch, nhưng cú phản lưới nhà của Ballack đã khiến họ bị thất bại 2-0 và Bayern Munich vô địch sau chiến thắng 3-1 trước Werder Bremen.Hai năm sau, đội bóng đã kém đội đứng đầu năm điểm bởi đã thua 2 trên 3 trận cuối mùa trong khi Borussia Dortmund lại thắng cả ba trận.Mùa giải 2002 đã được gán cho cái tên "Gấp ba lần sự khủng khiếp" khi Bayer tiếp tục thất bại trong trận chung kết Champions League khi thua Real Madrid 1-2.Chưa hết, đội bóng là đội đầu tiên vào đến chung kết cúp C1 và không vô địch giải quốc nội.Họ còn phải vượt qua vòng sơ loại thứ nhất để được tham dự UEFA Champions League năm đó.

Những năm gần đây

Đội bóng đã bị mất đi những ngôi sao hàng đầu trong hai mùa giải tiếp đó. Vào năm 2002, đội bóng mất hai ngôi sao tiền vệ Michael Ballack và Zé Roberto cùng vào tay Bayern Munich. Đội bóng đã phải đối mặt với cuộc chiến chống xuống hạng vào năm 2002-03 dưới sự dẫn dắt của Klaus Toppmoller, người đã dẫn dắt đội bóng trong mùa giải thành công nhất của họ và ông đã được thay thế bởi huấn luyện viên ít kinh nghiệm Thomas Horster. Huấn luyện viên được đánh giá cao Klaus Augenthaler đã vực dậy đội bóng trong hai trận cuối cùng và giúp họ tránh được khủng hoảng với chiến thắng trước đội bóng cũ của ông Nuremberg. Sau đó ông đưa Bayer Leverkusen kết thúc mùa giải với vị trí thứ ba và được dự Champions League vào mùa giải sau đó.

Cuộc chiến ở Champions League mùa sau đó đã chứng kiến họ có cuộc trả thù trước Real Madrid, mở màn vòng bảng của họ với chiến thắng 3-0 trước gã khổng lồ Tây Ban Nha, họ đã có thể tiến sâu, nhưng bị đánh bại ở vòng knockout bởi đội bóng đã vô địch sau đó Liverpool. Đội bóng về đích ở mùa giải 2004-05 với vị trí thứ 5 và phải tham dự Champions League ngay từ vòng sơ loại thứ nhất ở mùa giải sau đó.

Đầu năm 2005, Augenthaler đã bị sa thải sau khi đội bóng có sự khởi đầu tồi tệ nhất trong hai mươi năm với chỉ một chiến thắng trong bốn trận đầu mùa và thua 1-0 trước CSKA Sofia ở lượt đi vòng loại UEFA Cup.Cựu huấn luyện viên đội tuyển Đức Rudi Völler được chỉ đinh thay thế.Michael Skibbe, người là trợ lý của Rudi Voller ở đội tuyển quốc gia là người kế nhiệm ông vào tháng mười.Skibbe đã giúp đội bóng về đích ở vị trí thứ năm và đội bóng lại có một suất dự UEFA Cup.

Mùa giải 2007-08 không phải là một mùa giải thành công với Bayer Leverkusen mặc dù đã có một màn khởi đầu tốt. 7 trận thua trong 10 trận cuối cùng của mùa giải đã khiến họ phải về đích ở nửa sau của bảng xếp hạng. Michael Skibbe đã bị chỉ trích nặng nề ở cuối mùa sau khi ông thay đổi đội hình. Trong trận thua 1-2 trước Hertha Berlin, cổ động viên Leverkusen đã gây nên một cuộc bạo động.Không chỉ la ó huấn luyện viên của Leverkusen mà họ còn đốt áo họ đang mặc và ném xuống sân.Michael Skibbe đã từ chức vào chiều 21 tháng 5 năm 2008. Lý do ông ra đi là vì những thành tích của Leverkusen và đội bóng cũng không được dự UEFA Cup.